Bilim Ve Tekno

DNA İzolasyonu – QIAGEN EZ1 Advanced XL

DNA İzolasyonu – QIAGEN EZ1 Advanced XL

QIAGEN EZ1 Advanced XL, DNA’yı 16 dakika gibi kısa bir sürede izole edebiliyor olması ki meslekte zamanın ne denli önemli olduğunu düşününce bu zaman oldukça önemli bir avantaj. Cihazın avantajları olduğu gibi dezavantajları da yok değil. Cihaz DNA’yı izole ederken kullandığı beadleri tam olarak ayıramıyor. Bu yüzden NGS yani yeni nesil dizileme haricinde PCR için kullanılacak DNA’lar bu cihaz ile izole ediliyor. EZ1 2 kartuş ile birlikte çalışıyor. Cihazın kendine özel kitleri bulunuyor ve bu kit içeriğinde, etanol, eluetion buffer, taq polimeraz, bead, liziz buffer, wash buffer, proteinaz k gibi solüsyonlar bulunuyor.

DNA‘sı izole edilecek olan kan numuneleri, EZ1 kitleri ile cihaz için hazırlandı. Cihazın kullandığı ve içerisinde; alkol, su, bead gibi solisyonların bulunduğu kit cihazın 1. kartuşuna numune miktarı kadar sıralı bir şekilde yerleştiriliyor. Ardından bu kartuş cihaza yükleniyor.

Cihazın 2. kartuşunda ilk sıraya kan numunelerinin koyulacağı tüpler koyuldu. 2. sıra boş bırakılıyor. 3. Sıraya cihazın pipetlemede kullanacağı 1000 mikrolitrelik pipetler eklendi. 4. Sıraya ise izole edilen DNA’nın aktarılacağı 1 ml’lik tüpler yerleştiriliyor.

Cihaz aynı anda 14 numuneye kadar izolasyon yapabilirken, 14’ten az hasta olduğunda ise numuneler yerleştirilmeye ilk sütundan başlanıyor.

Cihaz üzerinde taşıdığı LCD ekran sayesinde yapılan ayarlar görülebiliyor ve yine aynı yerde bulunan tuş takımı ile istenilen ayarlar girilebiliyor.

Cihazın Çalışma Prensibi

Kan tüplerden çekiliyor. Kan örneğinden bir miktar çekiliyor. Bu kana protein kinaz karıştırılıyor ve proteinlerin yıkımı sağlanıyor. Ardından nükleaz ile birlikte çekirdekli hücrelerin yani lökositlerin çekirdeği parçalanıyor. Bu komplekse bead karıştırılıyor ve açığa çıkan DNA’ların bu komplekse bağlanması sağlanıyor. Ardından manyetik alan ile birlikte DNA bağlı beadler kompleksten ayrılıyor. Bu DNA-Bead kompleksi de eluetion buffer ile yıkanarak büyük ölçüde beadlerden ayrıştırılıyor. Ancak filtre olmadığı için bir miktar bead DNA’lı eluetion buffer su ile beraber çekilebiliyor.
Kan her numuneden 200 mikrolitre kullanılıyor. Ancak pipet ucunda kalacak kanı da düşünerek, pipet ile 220 mikrolitre örnek alınarak kartuştaki ilgili kısımlara koyuluyor. Biraz önce de bahsettiğim gibi ilgili kısımlarla birlikte cihaza yükleniyor ve start veriliyor. Genel olarak NGS yapılmayacak olan çoğu hastalığın genleri bu cihaz kullanılarak izole edildi. Bu genlere; MTHFR, HLA-B27 örnek olarak gösterilebilir.

ZİYARETÇİ YORUMLARI

Henüz yorum yapılmamış. İlk yorumu aşağıdaki form aracılığıyla siz yapabilirsiniz.

BİR YORUM YAZ