Mikroarray Teknolojisi Nedir?
Mikroarray, Array Comparative Genomic Hybridization (a-CGH), gen çipi, DNA çipi yada biyoçip olarak bilinen bu yöntem binlerce genin ekspresyon düzeylerinin incelenmesi için cam veya nitrosellüloz membran yüzeyleri üzerine tutturulan, spesifik DNA ve RNA çalışmalarında kullanılan teknolojidir. Bu yöntem ile çip üzerine gönderilen probların floresan ışıma yapması ile kısa sürede numunelerin detaylı araştırılması yapılmaktadır. Bu DNA mikroarray‘leri aktif proteinlere dönüştürülebilen yada dönüştürülemeyen RNA‘ların tespit edilmesinde kullanılır. Bu tip analizlere ise ekspresyon analizleri denmektedir.
Mikroarray Teknolojisi Hangi Çalışmalarda Kullanılır?
Bu teknolojiden, moleküler genetikte DNA, RNA, metilasyon analizlerinde yararlanılmaktadır. Bunların dışında tek nükleotit polimorfizmi, moleküler karyotipleme, genom boyu ilişkilendirme,gen ekspresyon analizleri, mutasyon analizleri gibi çalışmalarda kullanılmaktadır.
Mikroarray’ler Nasıl Üretilir ve Nasıl Çalışır?
Mikroarray‘ler üretilirken birçok yöntem kullanılabilmektedir:cam lamlar üzerine ince uçlu iğnelerle baskı, önceden hazırlanmış maskelerle fotolitografi , dinamik mikroayna cihazlarıyla fotolitografi, ink-jet baskı , mikroelektrod array’lerinde elektro kimya gibi… Temel olarak çipler iki şekilde hazırlanır: Çip üzerinde oligonükleotid sentezi (On-chip oligonucleotide synthesis). DNA ya da gen parçaları direkt olarak cam maddenin üzerinde sentez edilir. Çoğunlukla fotolitografi yöntemi kullanılır. DNA’nın direkt olarak yüzeye bırakılması (Direct DNA deposition). Bu teknikte genomik DNA’nın parçaları fiziksel olarak cam yüzeydeki yerlerine bırakılır.
Gen array deneyleri tipik olarak farklı doku yada koşullarda gen ekspresyon düzeyini tayin etmede kullanılır. Mikroarray üretim aşamalarını şöyle özetleyebiliriz:
• RNA ekstraksiyonu
• İşaretli cDNA hazırlama (rev. transk.)
• Hibridizasyon
• Spin
• Scan
Problar , genellikle, işaretli nükleotidlerin varlığında mRNA’nın tek iplikli cDNA’ya reverse transkripsiyonu ile üretilmektedir. Bu nedenle, işaretli prob, aslında mRNA populasyonunu temsil edenjkkjk bir cDNA molekülleri populasyonudur. Tek iplikli bir prob oluşturmak için RNA, mRNA’daki polyA ucuna komplementer olan oligo dT primerleri, reverse transkriptaz ve işaretlenmiş nükleotidler içeren bir reaksiyon karışımına eklenir. Genellikle işaretlenmiş nükleotidler Cy3 (yeşil) ve Cy5 (kırmızı) gibi fluoresan işaretlerle ya da kimyasal luminescent saptama ile saptanabilen digoksijenin (DIG) ile etiketlenmiştir. Ele alınan bir klondaki hibridizasyon miktarı , ilgili gen için bulunan mRNA miktarına karşılık gelir.
Kaynak
- http://www.thd.org.tr/thdData/userfiles/file/dna.pdf
