Virüslerin kökeni hakkında iki teori ortaya atılmıştır. Bunlardan;
1.virüslerin, yaşamı oluşturan hücrelerden evrimleştiği
2.virüslerin, yaşamın veya canlılığın kaynağı olduğu teorisidir.
Bu teoriler literatürde eksik ve tam yönleri kapsamlı bir şekilde tartışılmış olsa da açıklama konusunda hala yeterli değillerdir. Ancak virüslerin canlılığın temeli olduğuna kanıt olduğu gibi olmadığına dair de kanıt vardır. Bunlardan biri regresif hipotezi ve dev virüsler hipotezidir.
Regresif Hipotezi;
Virologlar (virüsleyi inceleyen bilim insanları)a göre virüsler, indirgeyici bir süreçle ortaya çıktığı düşünülüyor. Virüsler zamanla genetik bilgiyi kaydeden kompleks ve serbest yaşayan organizmalardan evrimleşmiş olabileceği ele alınır. Çünkü bu kompleks yapılar resplikasyonun parazit özelliği ile virüslere çok benzemektedir. NCLDV (Nükleositoplazmik büyük DNA virüsler) bu iddiaya kanıt olarak gösterilir. Sonuç olarak bu hipoteze göre canlılık ve yaşam virüslerden başlamadığı ancak virüslerinde bir ata hücreden evrimleştiği öne sürülür.
Dev Virüsler Hipotezi;
Virüsler tanımalnırken belli bir filtreden geçebiliyor olması ile tanımlanır. Ancak bazı virüsler buna yakırı olarak 500nm filteresinden geçemeyerek daha büyüktür. Bu kuralı bozan ve bilim insanlarının bulduğu ilk örnek ise Mimivirüstür. Başlangıçta amipten izole edilmiş bakteri olarak sınıflandı ancak çok geçmeden virüs olduğu kanıtlandı. virüslerin boylarının 500nm den küçük olması gerekirken bu virüsün büyük olması akıllarda bir soru işareti doğurdu. Mimivirüsü’nün boyu 750nm olduğu ve genomununda 1megabayt baz olduğu anlaşıldı. Viologlar araştırmalrına devam ederek yakın bir tarih olan 2013 te Pandoravirüsü nü kesşfetti. Mikrometre büyüklüğünde olan bu virüsün genomunun büyüklüğü ise 2.5 mgbp büyüklüğünde olduğu keşfedildi. Ve en büyük virüs olma rekorunu kırdı.
Virüsler normalde genomalrında translasyona ait enzimler bulunmaz. Ancak mimivirüs genomu translasyon sürecinde merkezi olan, amino asil-tRNA sentetaz enzimi dahil 9 protein içeriyor olması virüslerin yaşamın kaynağı olmasında ki hipotezi güçlendirdi. Virüsler aynı prokoryat bir hücre gibi sitoplazmada DNA ve RNA’sı vardır. Buna ilk prokoryat canlılardan evrimleştiğimizi kabul gören sisteme karşı destek ve kanıt sunmaktadır.
Bu durumu kısaca özetlersek; başlangıçta sadece virüsler vardı,sonra onlar önce bakteri ve daha sonra ökoryatik hücre oldular şeklinde açıklamak mümkündür.
Evrim bilimiyle uğraşan bilim insanlarına göre başlangıçta DNA ve RNA ya ait hiç bir şey yoktu. Sadece bazit koaservatlar vardı ve bunlar suların içinde ribozim molekülünü oluşturmuştur. Ve daha ileri gittiğimizde bu koaservatların DNA ve RNA ya evrimleşeceğini görebiliriz. Ancak bundan önce DNA ve RNA olmadan önce plazmid DNA adı altında kompleks bir yapı oluştu. Plazmid DNA yuvarlak yapılıdır ve sarmal değildir. Basit yapılı ve mutasyona çokça açıktır. Düzetlme mekanizması bir DNA ya göre oldukça azdır. Bu varyasyonla mutasyonun kalıcılığı artmış ve gelecekte bakteri ve ökoryatik canlı türlerini oluşturması muhtemel diye yorumlanmıştır.
Ancak bilindiği gibi virüslerin çoğalması ve replikasyon geçirebilmesi için şart konakçı bir hücrenin olmasıdır. İlk virüslerin var olma hipotezi bu konu hakkında tam bir açıkalama yapamasa da kendi kendini monte eden bir kapsid yapısının olabileceğini ve bu şekilde dev virüslerin oluştuğu ve buna dayalı olarakta yaşamın kaynağı olduğu düşünülüyor.